本发明公开了一种城市轨道交通车载储能系统的控制方法，先根据车辆线路信息确定列车在当前运行区间的备用能量值，再计算当前运行区间的备用能量值与车载动力电池的电池低端保护荷电状态门限值的和值与车载动力电池的电池总容量之间的比值，从而得到列车在当前运行区间的故障工况电池初始荷电状态下限值，通过利用当前运行区间的故障工况电池初始荷电状态下限值对列车的储能系统进行控制，实现了对列车处于不同的运行区间时根据实际情况制定相应的车载动力电池能量管理策略。在保证列车故障自牵引要求的前提下大大提高了节能效果。本发明还公开了一种城市轨道交通车载储能系统的控制装置、控制设备及计算机可读存储介质，具有上述有益效果。