本发明涉及无人飞行器的控制系统，尤其涉及一种无人飞行器发动机的控制系统，包括主控系统，推进系统，舵系统，反馈系统，舵系统的舵片由舵片驱动电机通过驱动传动机构带动舵片转动，所述舵片的旋转轴以垂直于无人飞行器发动机尾部中轴线的方式布置且任意相邻两个舵片旋转轴之间的夹角为90°；每个发动机上分别配置三个舵片，使两发动机的舵片的布局相对于两发动机之间的中线对称。采用本无人飞行器发动机的控制系统可依然在拥有较高的灵活性的前提下，同时相比于双发动机配置八个舵片而言，价格更加低廉。