本发明提供了一种基于柔性牵引网的继电保护方法及系统，用以解决柔性牵引网继电保护不完善、不可靠、不灵敏的问题。所述继电保护方法，为变电所、分区所配置保护装置并搭建局域网，再由变电所保护装置采集本所及邻所的母线电压、各开关的电流及位置状态并判断运行方式，当母线电压小于预设阈值时，选取进线开关电流为基准电流方向，通过电流相对比相计算其余各开关的电流方向，并与真值表中的电流方向比对；当与真值表一致时，确定故障位置并跳对应开关。本发明可快速、准确地切除故障点，减少停电时间，缩小停电范围，提高牵引网安全可靠性；同时，可自适应所有的运行方式，不需要人工调整定值，并能避免调整定值时人为失误，减少安全隐患。