本发明涉及斯特林发动机发电设备技术领域，公开了一种熔盐斯特林发动机发电控制方法及系统。该方法包括：起动时，根据斯特林发动机的加热器温度和转速状态，先控制发电机获得电源，再控制短路电磁阀闭合，完成起动控制；运行时，工质压力变化率达到设定值时，采用定时定量分段控制步骤，控制工质压力在设定范围内；停车时，根据斯特林发动机的加热器温度和转速状态，先控制短路电磁阀和排气电磁阀打开，再关闭发电机的电源，完成停车控制。本发明中，斯特林发动机在起动时降低冲击力，提高斯特林发动机的使用寿命，运行中控制斯特林发动机的工质压力维持在一定范围内，提高斯特林发动机的稳定运行能力，停车时避免斯特林发动机出现飞车现象。