本发明涉及一种采用鱼骨图进行跨流域调水工程对当地防洪影响风险因子识别的方法，包括：分析要点：针对研究对象，选择分类方式；找出各类中所有可能的因素；将找出的因素进行整理，明确各因素的属性；绘制鱼骨图：将要研究的问题标识在鱼头上；画出鱼的大骨，填写所述大要因；在所述大骨上延伸出中骨、小骨，分别填写相应的中要因、小要因；如有必要对特殊因素进行简要说明，重要因素用特殊符号标明；从而完成鱼骨图的绘制，识别得到跨流域调水工程对工程区当地的防洪影响风险因子。本发明首次采用鱼骨图法对跨流域调水工程设计、施工完成后，运行阶段对当地防洪影响风险因子进行识别，层次分明、条理清楚，适用于多种不同跨流域调水工程。