本发明公开了一种用于无人机燃料电池的散热系统，包括吸热单元、放热单元以及连通吸热单元和放热单元单元之间的传热传质通路；所述吸热单元用于吸收燃料电池放出的热量，经过传热传质通路传递到放热单元；所述放热单元单元用于与无人机的壳体相连接，以进行热量传递。利用无人机的金属壳体与散热系统的散热单元相结合，增大散热单元与周围环境的对流换热面积，在不显著增加无人机的重量和体积的条件下增强散热系统的散热能力，保障燃料电池在安全温度范围内运行。