本发明属于海洋能驱动航行器技术领域，具体涉及一种海洋能驱动航行器的智能能源分配系统。海洋能驱动航行器是一种充分利用太阳能和风能的新概念长航时海洋运载器，有效的协调和管理内部、外部能源是增加海洋航行器自持力的关键。本发明通过智能能源分配器控制整个电气系统的电路结构，在智能能源分配器中ARM开发板通过蓄电池经由稳压模块对其进行供电，ARM开发板通过GPIO发送高低电平信号对风力发电执行器、光伏执行器和负载执行器进行控制，达到能源使用的最优配置。