本发明公开了一种含EB病毒gB蛋白的自组装纳米颗粒及其制备方法与应用。该自组装纳米颗粒，包含第一多肽和第二多肽；所述第一多肽包含gB蛋白和第一载体亚基，所述第二多肽包含第二载体亚基；所述第一载体亚基为I53‑50A1，所述第二载体亚基为I53‑50B.4PT1。本发明提供的自组装纳米颗粒首次将EB病毒的gB蛋白展示在纳米颗粒表面，其粒径较抗原gB大，化学稳定性、与中和抗体的的结合能力高于抗原gB，有利于增加其在B细胞抗原受体的驻留时间，刺激抗体的产生；同时，自组装纳米颗粒能够诱导较高的动物免疫抗体滴度，可用于预防EB病毒感染及治疗EB病毒感染所引起的疾病。