本发明提供一种列车线路避障区域管理方法及系统，所述方法应用于轨旁ATP，包括：接收车载ATP发送的列车异常状态，并判断所述列车是否形成线路障碍；如果是，确定所述列车造成的障碍区域；确定所述障碍区域所覆盖的轨旁区域控制器，为每一所述轨旁区域控制器计算对应的故障保护距离；向每一所述轨旁区域控制器发送所述故障保护范围，以使每一所述轨旁区域控制器向相应的所述故障保护距离内的列车发送限制的移动授权命令。本发明能够解决现有技术中列车障碍响应不及时、障碍区域影响范围难以量化以及影响全线正常运营的问题。