本发明公开了一种船舶路径跟踪的控制方法、系统和存储介质，方法包括：将PID控制律应用于船舶控制器并存储第一船舶状态和第一控制输入数据；采用欧拉离散方式对船舶运动模型离散化，得到线性预测模型；采用线性回归方式对第一船舶状态和第一控制输入数据进行估计，并结合回归变量构建船舶估计模型；根据第一船舶状态、第一控制输入数据、线性预测模型和船舶估计模型计算得到船舶线性时变预测模型；将模型预测控制律应用于线性时变预测模型并存储第二船舶状态和第二控制输入数据；根据上述船舶状态和控制输入数据计算控制序列并更新船舶路径控制状态。本发明在提高船舶路径跟踪精度的情况下，减少计算量。本发明可应用于船舶控制技术领域。