本发明公开了海杆菌在制备聚羟基脂肪酸酯中的应用。本发明海杆菌(Marinobacterium)应用于制备聚羟基脂肪酸酯中。本发明还提供了一种制备聚羟基脂肪酸酯的方法，包括用含有碳源的培养基发酵培养上述的海杆菌，得到发酵产物；从所述发酵产物中得到所述的聚羟基脂肪酸酯。本发明海杆菌能利用挥发性脂肪酸为碳源进行快速生长且积累聚羟基脂肪酸酯。采用挥发性脂肪酸为碳源有助于降低聚羟基脂肪酸酯的发酵成本，具有较大的经济优势和良好的工业应用前景。