本发明公开了一种燃料电池高速电动空气压缩机的散热系统，涉及氢氧燃料电池技术领域。本发明包括电机，电机设置在一圆柱形壳体内；电机与圆柱形壳体同轴设置，且与圆柱形壳体之间形成高压腔；圆柱形壳体的两端均设有挡板；挡板的中部开设有与圆柱形壳体的中心线重合的安装通孔；挡板远离圆柱形壳体的一侧安装有进风筒；进风筒与高压腔体连通；电机的转轴的两端分别延伸入进风筒；转轴的两端均安装有进风组件；电机的外周设有第一冷水管；第一冷水管位于高压腔内。本发明通过向第一冷水管、第二冷水管内通冷却水能够快速的对电机进行降温，避免电机因温度过程损坏，同时也能够对压缩后的空气进行降温，避免压缩后的空气温度过高。