本发明提供了基于热倒母操作的GIS回路缺陷诊断方法及系统，其中方法包括：热倒母操作变电站中每条线路的母联回路，判断所述母联回路的三相电流是否平衡并记录平衡结果；根据所述平衡结果判断母联回路是否存在缺陷：若所有线路的母联回路三相电流均平衡，则所述母联回路无缺陷；若只有单条线路的母联回路出现三相电流不平衡，则该条线路母联回路中的隔离开关存在缺陷；若多条线路的母联回路出现三相电流不平衡，则所述母联回路的母线存在缺陷，进一步定位母线缺陷段直至诊断结束。本发明可在智能监控作业中心远程操控，省去了现场回路电阻测量的繁琐环节，节省了大量人力物力资源；同时也降低了因误操作带来的触电风险。