本发明涉及一种计及灵活性储备的含风电多微网系统分布式调控方法，包括以下步骤：日前调度规划阶段：通过微网下层管理智能体根据灵活性电池储备模型评估每个微网中可调控灵活性资源能力，并确定第i个微网的所有分布式单元可调节灵活性功率的总容量；日内重新调整阶段：通过微网上层全局优化智能体采用分布式一致性算法对各微网承担的负荷进行重新分配；实时优化运行阶段：通过微网上层局部优化智能体根据日内重新分配结果，进行该时间段内的实时优化运行。与现有技术相比，本发明具有评估准确、合理分配动态功率、充分挖掘风机的灵活性调控潜力等优点。