本发明提出了一种数据丢失和信道噪声干扰下的ILC系统输入信号滤波方法，其步骤为：首先，建立包括状态更新方程和状态测量方程的滤波估计模型；其次，根据正交投影准则和滤波估计模型的系统参数计算滤波估计模型的新息和新息协方差，进而获得滤波估计模型的预测增益和滤波增益；然后根据正交投影准则和预测增益计算状态预测值和状态预测误差的方差值；最后，根据状态预测值、状态预测误差的方差值和滤波增益计算滤波后的状态估计值和状态估计误差的方差值。本发明依据迭代学习过程构建滤波估计模型，又依据正交投影准则，获得基于线性最小方差的滤波器，在迭代域内实现对滤波模型中包含数据丢失和信道噪声干扰的输入信号的最优滤波。