本发明提供一种石莼多糖裂解酶突变体及其应用，属于基因工程领域。所述酶的活性在石莼多糖中提供降解功能。本发明所述石莼多糖裂解酶突变体，是由野生型石莼多糖裂解酶氨基酸序列基础上，发生第35位由Asn突变为Pro，该突变体和野生酶的最适温度和最适pH都为40℃和9.0，突变体的比活力是野生酶的1.35倍左右。在最适反应条件下，突变体的催化效率相比野生型提高了2倍左右。以石莼粉为底物时，突变酶的催化反应所产还原糖含量是野生型降解底物的1.27倍，可以看出突变酶显著提高了酶活力，可以降低工业应用的经济成本。