本发明公开了一种基于磁纳米粒子谐波响应的病毒检测方法及系统，属于纳米测试技术领域，包括：分别产生交流磁场和直流偏置磁场并叠加为混合磁场；测量免疫检定试剂在混合磁场中的交流磁化响应，以测量出免疫检定试剂的二次及以上各次谐波响应；将免疫检定试剂与病毒样本混合，使功能性磁纳米粒子与目标抗原发生特异性结合，得到混合溶液；测量混合溶液在混合磁场中的交流磁化响应，以测量出混合溶液二次及以上的各次谐波响应；分别利用免疫检定试剂和混合溶液的二次及以上各次谐波响应计算免疫检定试剂和混合溶液的检测特征，若两个检测特征的差异程度超过预设的阈值，则判定病毒样本中含有目标病毒。本发明能够同时提升病毒检测的效率和灵敏度。