本发明公开了一种阿伐那非杂质的合成方法，属于药物合成领域，该方法工艺设计合理，可操作性强，反应条件比较温和。包括以下步骤：A.4‑(3‑氯‑4‑甲氧基苯氨基)‑5‑乙氧基羰基‑2‑甲硫基嘧啶I为原料，碱存在的条件下水解得到化合物II；B.所述化合物II与2‑氨甲基嘧啶盐酸盐III在碱性条件下缩合得到化合物IV；C.所述化合物IV，在氧化剂存在下氧化得到化合物V；D.所述化合物V在碱性条件下得到阿伐那非杂质VI。本发明制备的阿伐那非杂质完善了阿伐那非的杂质谱，为阿伐那非的质量研究提供了重要依据，对该杂质的研究与控制进一步提高了阿伐那非的安全性。