本发明属于地铁车站结构技术领域，尤其涉及一种新型主动防渗地铁车站底板结构，包括地铁车站结构的底板，底板下方设置有基坑，所述基坑内设置有挡水墙，所述挡水墙与底板之间通过立柱连接，所述挡水墙与底板之间设置有排水沟，所述排水沟内设置有抽水井。本发明在地铁车站底板下部修建挡水墙和排水沟结构，利用挡水墙将绕流地下围护结构的地下水头阻挡在车站结构下部；另外，将挡水墙之上或者绕行过挡水墙的地下水通过排水沟进行收集并通过抽水井抽出地下车站结构。本发明可以有效减小地下水对车站结构整体渗漏病害的影响，提升车站结构的稳定性和运营安全性。