本发明公开了一种糙米乳功能性饮料及其二级发酵加工方法，包括发芽、蒸米、一级发酵、冷却、二级发酵、灭活、研磨、调配均质、灌装杀菌等步骤。本发明采用耐受高温且具有高液化糖化能力的地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)BTJQ4和具有耐受高酸高糖且产香显著的植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）RPC22为发酵剂，采用二级发酵方法加工糙米乳饮料。本技术不仅充分利用了二次发酵所产生的天然酸甜口感和流体稳定性，还能提高产品的γ‑氨基丁酸、氨基酸等功能成分含量，大大改善了糙米的适口性，并实现糙米原料的全效利用。