本发明公开了一种防水的地铁车站出入口通道结构及其施工方法，该通道结构包括：若干个支撑装置，其沿地铁出入口通道的长度方向间隔设置，每个支撑装置包括两个立柱和拱梁；大管棚，其设置于地铁出入口通道的顶部；初期支护，其设置于支撑装置的内侧；防排水结构，其包括排水管道、外防水层、第一排水板和内防水层，排水管道设置于地铁出入口通道的底部；初期支护的外侧设有外防水层，内侧设有第一排水板；第一排水板的内侧设有内防水层；第一排水板与排水管道连通；以及二次衬砌；还包括该通道结构的施工方法。采用本发明的通道结构和施工方法，能够减小施工对上部既有管线影响，实现微扰动施工，提高地铁出入口通道的防排水性能。