本发明涉及变速箱控制技术领域，公开了一种变速箱故障诊断系统及其构建方法和存储介质，包括：前端信号采集端口，采集多个第一参数信号和第二参数信号；诊断预处理模块，包括多个预处理子单元，根据所述当前输入信号的数据进行预处理；故障诊断模块，包括多个分别对变速箱某一类型故障进行故障诊断的诊断子单元，所述诊断子单元用于对所对应变速箱同一类别的故障进行故障诊断，故障诊断模块从预处理子单元调用对应的预处理结果进行故障诊断，输出故障诊断结果。本发明中故障诊断系统采用了新的构架，将原诊断模块改进为“诊断预处理模块”和“故障诊断模块”，优化分类结构，代码模型层次清晰，平台化，便于模型代码的添加和维护。