本发明涉及一种多无人艇协同搜索控制方法及系统，涉及海洋智能无人艇协同作业领域，包括确定无人艇团队的任务区域；根据任务区域和概率图方式，确定当前时刻每个无人艇对应的环境感知信息；将当前时刻每个无人艇对应的环境感知信息分别输入到相应的目标搜索策略输出模型中以获取下一个时刻每个无人艇的执行动作；将下一个时刻每个无人艇的执行动作发送至对应的无人艇执行结构中以对任务区域内的水下目标进行搜索。其中，目标搜索策略输出模型是基于训练样本和DDQN网络结构训练得到的。本发明能够解决在搜索任务中，无人艇效率低、精确度不高、任务分配不明确等问题。