本发明提供了一种进行羟醛缩合反应的方法，其包括使用果糖‑6‑磷酸醛缩酶或转醛醇酶酶催化剂或者含有所述酶的全细胞催化剂催化底物α‑羟基酮与丙酮醛进行羟醛缩合反应的步骤；其中所述底物α‑羟基酮可以为羟基乙醛、二羟丙酮、羟基丙酮或1‑羟基‑2‑丁酮。本发明还提供一种羟基呋喃酮类化合物的制备方法，使所述羟醛缩合反应的产物在碱性磷酸氢二钠环境中环化生成羟基呋喃酮类化合物。本发明的方法反应温和、环境友好，避免使用有机和金属催化剂；基于酶催化的羟醛缩合反应合成多羟基呋喃酮前体，转化率高；反应步骤少，避免多步分离纯化工艺。本发明还提供果糖‑6‑磷酸醛缩酶或转醛醇酶用于催化羟醛缩合反应的用途。