本发明公开了一种酶法制备磷酸酯淀粉的方法，属于农产品深加工以及变性淀粉制备方法领域。本发明所述的方法，包括如下步骤：(1)将淀粉和磷酸盐缓冲液混合均匀，得到淀粉乳；(2)将磷酸酶加入磷酸盐缓冲液中溶解，并加入催化离子，混合均匀、活化得到酶液；(3)将酶液分次加入淀粉乳中进行反应；(4)反应结束之后调节体系为中性，之后洗涤、离心、干燥、粉碎，得到磷酸酯淀粉；其中，步骤(1)中淀粉与步骤(2)中酶的质量比为30～300：1；步骤(1)所述淀粉乳的固形物浓度为20％～60％。本发明的方法反应温度低于40℃，反应时间小于5h，反应效率高，而且制备的磷酸酯淀粉可以高达0.806。