本发明公开了一种基于空间几何关系的FLS偏差计算方法，通过将FAF点、锚点进行投影确定用以描述FLS虚拟波束的所在平面，根据地理坐标系与地心空间直角坐标系地转换关系计算产生用于描述FLS虚拟波束的坐标系的三个互相垂直的单位矢量；根据飞机和FLS虚拟波束在坐标系中的位置关系，计算飞机相对于FLS波束的偏差，包括水平距离偏差、水平角度偏差、垂直距离偏差和垂直角度偏差。本发明为FLS高级进近引导技术研究提供了关键技术的求解思路，为FLS高级进近过程中高精度引导指令的求解提供了基础，使得飞机在执行FLS高级进近时对偏差信息的感知更加敏感，飞行更加安全。