本发明公开了一种氢燃料电池系统故障关机的控制方法，包括：FCU获取故障信号，FCU从运行状态进入故障状态；在所述故障状态下，FCU根据故障信号确定故障等级信息；FCU根据故障等级信息控制氢燃料电池系统的状态，若故障等级信息为一级故障信号，控制氢燃料电池系统执行一级故障关机；若故障等级信息为二级故障信号，控制氢燃料电池系统执行二级故障关机；氢燃料电池系统完成故障关机。通过不同的故障关机策略，提高燃料电池系统的寿命及安全性。