本发明公开了一种分级生物过滤介质及其制备方法、分级生物过滤系统，包括：用于对初期雨水和/或合流制溢流污水进行一级处理的生物过滤填料，及用于对经过一级处理的初期雨水和/或合流制溢流污水进行二级处理的生物滞留复合介质填料，生物过滤填料包括火山岩；生物滞留复合介质填料包括以下质量百分比：给水厂污泥3％～10％、粗砂50％～60％、细沙10％～15％、种植土20％～25％、椰糠2％～8％。本发明的分级生物过滤介质，包括对初期雨水和/或合流制溢流污水进行一级处理的生物过滤填料和二级处理的生物滞留复合介质填料，既能保证经过分级生物过滤介质处理后的出水水质，又能避免因负荷过高造成生物滞留复合介质填料堵塞。