本发明公开一种无电解电容变频驱动系统控制方法、控制器及存储介质，方法包括：采集电机的实际转速，根据实际转速计算出半个周期内的转速平均值；将转速平均值与参考转速相比较，得到第一比较差值；根据第一比较差值获取电机输入电流参考值与输入电压的比值；根据比值、无电解电容变频驱动系统输入侧的电压，获取有功电流参考值；根据无电解电容变频驱动系统输入侧的电压、有功电流参考值获取电机交轴电流参考值；根据电机交轴电流参考值和电机实际交轴电流，采用比例积分加谐振的控制方法对交轴电流进行跟踪。本发明解决了输入侧功率与电机侧功率耦合严重的问题，提高了输入侧的功率因数，减少了输入侧电流的谐波含量。