本发明属于城市轨道交通工程技术领域，具体而言，本发明涉及一种轨道交通工程五级人防防护通风系统，安装在五级设防人防段中，位于风井与车站之间，包括新型门式消波通风一体结构防护密闭设备和门式通风密闭设备；所述新型门式消波通风一体结构防护密闭设备和所述门式通风密闭设备沿着所述风井向所述车站方向顺序间隔设置，所述新型门式消波通风一体结构防护密闭设备用于战时通风、密闭和阻挡冲击波，所述门式通风密闭设备用于战时通风、密闭和阻挡冲击波余波。本发明能够有效利用通风道，解决土建空间尺寸大、防护通风密闭效果差的问题，具有土建空间尺寸小、系统全面、经济合理的特点。