本发明属于生物技术领域，公开了一种超声波高压均质联用制备纳米淀粉的方法。本发明的方法包括：(1)用超纯水配制淀粉悬浮液；(2)所得淀粉悬浮液放入超声波清洗仪中进行超声；(3)超声结束后将淀粉悬浮液冷却至室温；(4)冷却至室温的淀粉悬浮液用高压均质机进行高压均质；(5)将淀粉冷却至室温；(6)冷却至室温的淀粉悬浮液通过滤纸过滤，收集滤液；(7)对滤液离心，收集沉淀；(8)将离心得到的沉淀冷冻干燥，得到纳米淀粉颗粒。该方法解决了现有技术制备纳米淀粉颗粒技术中耗时长、仪器设备要求高、技术要求高、污染环境等问题，可得到粒径小且分布均匀，晶型、结晶度、热稳定性几乎不变，得率较高的纳米淀粉。