本发明公开了一种基于UDS的车载电控单元数据刷写方法及系统，涉及数据刷写领域，该方法包括：基于车载电控单元程序的逻辑分区，对刷写文件进行分段，得到多个数据段并获取每个数据段的校验码；基于车载电控单元程序的逻辑分区，获取车载电控单元中的数据段以及每个数据段的校验码；将车载电控单元中数据段的校验码与刷写文件中对应数据段的校验码进行比对，得到校验码存在差异的数据段；删除车载电控单元中校验码存在差异的数据段，并下载刷写文件中对应的数据段至车载电控单元，完成车载电控单元的数据刷写。本发明在减少刷写耗时的同时也能够降低刷写过程的失败率。