本发明公开了一种中冷器冷却系统的控制方法，获取中冷器后气温、中冷器后气温设定值和上循环中冷器后气温；计算温度差,温度差为中冷器后气温与中冷器后气温设定值之差的绝对值；PID控制器根据温度差，生成电磁阀对应的开合度；根据开合度，控制电磁阀，调整进入中冷器的冷却水流量，形成中冷器后气温闭环控制；再计算后气温变化值，后气温变化值为中冷器后气温与上循环中冷器后气温之差的绝对值；判断后气温变化值是否大于等于预设定后气温变化阈值；如果是输出中冷器故障对应的报警信号。可见，本发明利用中冷器后气温的温度差来闭环控制电磁阀开度，使中冷器后气温稳定，并利用后气温变化值监视中冷器，发生故障及时报警。