本发明提供CDMA安全编码、解码方法及系统，其中，CDMA安全编码方法，包括：接收第一时钟信号，将第一时钟信号转换为模拟信号；接收数据信号和第二时钟信号，将数据信号进行差分双相位编码得到编码数字信号；对所述模拟信号进行调理放大后和所述编码数字信号进行耦合处理，得到所需的基带信号；对所述基带信号进行编码，得到基带编码信号；对所述基带编码信号进行CDMA编码，得到CDMA编码信号。本发明提供的CDMA安全编码、解码方法及系统能够满足欧洲铁路运行控制系统互联互通，并解决现有的欧洲列车运行控制系统因采用FSK、PSK等信号制式，具有抗干扰性能差、仅适合短距离传输、误码率高、接收灵敏度门槛高以及不具备多径接收等问题。