本发明提供了一种动态环境下的杆臂速度补偿方法、系统及介质，包括：步骤1：根据主惯导速度、转塔姿态角、转塔角速度和主惯导杆臂，计算转塔方位转动中心相对于地理坐标系的速度；步骤2：根据发射架起竖角、起竖角速度和子惯导杆臂，计算子惯导相对于转塔坐标系的速度；步骤3：根据转塔方位转动中心速度、转塔姿态角、转塔角速度、发射架起竖角、发射架杆臂、子惯导杆臂和子惯导相对于转塔坐标系的速度，计算子惯导相对于地理坐标系的速度，并作为导弹动基座对准的输入以及惯导解算的速度初值。本发明将速度误差进行反馈校正，获得高精度动态惯导系统对准结果，从而提高子惯导系统对准的快速性和准确性。