本发明涉及流量检测领域，尤其涉及一种基于动态偏移补偿的电磁流量计系统及测量方法，包括FPGA微处理系统，所述FPGA微处理系统的输出端分别连接励磁线圈模块和励磁补偿线圈模块，所述励磁线圈模块连接励磁线圈，所述励磁补偿线圈模块连接励磁补偿线圈，所述FPGA微处理系统分别连接检波模块、人机接口模块、通讯模块、电源管理模块、干扰数据处理模块和软件动态补偿模块，所述检波模块的输入端连接信号接收电极的输出端，所述软件动态补偿模块的输入端连接干扰数据处理模块的输出端，所述干扰数据处理模块的输入端连接信号采集处理模块的输出端。本发明有益于提高电磁流量计的测量精度和可靠性，同时减少了平稳段时间，有利于减少功耗，提高使用寿命。