本发明公开了一种海上风电的桩基础防冲刷系统及方法，所述系统包括坡段系统、顶段系统和立体支撑结构；立体支撑结构呈梯形状，包括底座、顶部水平面和倾斜坡面；倾斜坡面连接底座和顶部水平面；所述坡段系统、顶段系统均为格栅结构，所述格栅系统由格栅和立柱组成，每块格栅被两根立柱竖直固定；所述倾斜坡面上设置有竖直的坡段系统，所述顶部水平面上设置有竖直的顶段系统。本发明通过多层格栅结构减缓水流流速并阻滞靠近海床底层的泥沙；通过立体支撑结构的倾斜坡面设置，进一步增加流动阻力，降低水流流速；通过立体支撑结构与格栅结构的组合，显著增加海底粗糙度，降低水流流速，达到基础防冲刷的目的。