本发明公开了一种II型草鱼呼肠孤病毒VP4‑NS38融合蛋白基因、表达载体、菌株及其应用。本发明通过融合PCR的方式将能够引起草鱼产生不同方式免疫应答反应的VP4和NS38蛋白以柔性linker连接，构建能够在枯草芽孢杆菌芽孢体中融合表达GCRVVP4‑NS38蛋白的重组芽孢杆菌。以该重组芽孢杆菌口服免疫草鱼能够刺激鱼体产生具有中和活性的黏膜抗体和血清抗体，而且能够引起草鱼产生体液免疫反应，也能够引起草鱼产生细胞免疫反应；同时还能够减少草鱼在病毒感染过程中的炎症反应。具有很好的安全性，对草鱼的生长不产生显著影响，也不会对草鱼的组织器官造成病理损害，可以应用在草鱼出血病口服疫苗的研究中。