本发明公开了一种基于置信传播的变分自适应协同导航方法，针对复杂环境下协同导航系统组网通讯链路因受到外界环境干扰而出现未知时变噪声造成滤波器精度下降问题，构造带有可处理时变噪声的滑动窗口的协同导航滤波器。包括二个步骤：步骤一，将多个导航平台与固定基站组网建立协同导航模型，每个平台通过UWB相对测距获得与相邻平台和基站之间的位置信息，完成协同导航平台之间的通信任务，采用置信传播算法实现前向滤波，获得所有导航平台的状态信息；步骤二，导航平台交互过程中，利用前向滤波值构造滑动窗口与辅助矩阵，对滤波过程中存在的时变过程噪声和量测噪声协方差矩阵进行平滑更新处理，将每次更新后的噪声协方差反馈到下一次信息交互过程中，输出导航参数；本发明适应于环境复杂存在干扰因素造成未知噪声影响的协同导航系统。