本发明公开了一种混合储能系统平抑风电功率波动的双层协调控制方法，包括：(1)通过支持向量机回归预测短期风电功率，在所述的支持向量机回归预测过程中，通过人群搜索优化算法优化惩罚因子参数；(2)基于W‑M滤波法将平抑后风电功率作为并网参考功率，计算HESS参考输出功率，采用改进希尔伯特‑黄变换对超级电容器和蓄电池一次功率分配，得到各自的参考补偿功率；(3)系统通过功率优化层，将超级电容器和蓄电池的工作区域进行划分，采用自适应注水算法对HESS的充放电功率和SOC进行协调控制得到期望补偿功率；(4)通过功率实现层，运用机会约束规划方法以最小化为目标，最大和最小充放电功率值为约束，采用SH优化算法得到最终功率设定值。