本发明属于电子对抗中辐射源个体识别技术领域，公开了一种辐射源个体智能识别方法、系统及终端，所述辐射源个体智能识别方法首先提取辐射源个体的差分星座图，模糊函数代表性切片和矩形积分双谱图作为初级特征，通过脉冲耦合神经网络对初级特征进行像素级融合，最后通过深度多重宽残差网络实现了辐射源个体的智能识别。本发明通过脉冲耦合神经网络对辐射源个体的时频域特征与调制域特征融合，保证了特征的全面性，有效解决了辐射源个体指纹特征受噪声的影响大和自适应性比较差的问题，利用深度网络训练融合后的特征，克服了指纹特征的不稳定性，在低信噪比下辐射源个体识别性能良好。