本发明提供一种惯性测量单元数据补偿方法及系统，方法包括：对目标车辆的惯性测量单元IMU的目标数据去噪预处理，以获取第一目标数据；根据目标车辆的导航信息，获取目标车辆处于预设状态时的航向角和车速；根据第一目标数据、航向角和车速，确定目标函数；基于多起点模拟退火算法确定目标函数的最优解，并根据最优解，确定IMU相对车体系的姿态，以获取校正后的目标数据。所述系统用于执行上述方法。本发明提供的惯性测量单元数据补偿方法及系统，结合模拟退火算法实现对安装姿态误差的估算和补偿，能够在车辆载体直线运动且具有一定速度的状态下，估算IMU的安装姿态误差并补偿，提高航迹推算的准确性和稳定性。