本发明公开了抗菌蛋白PPIA‑L20及其在生物防治中的应用。本发明还公开了抗菌蛋白PPIA‑L20从伯氏致病杆菌NN6菌株胞外粗蛋白中的纯化方法。本发明还公开了经质谱鉴定后的抗菌蛋白为peptidyloprolyl isomerase A，并给出氨基酸序列信息。本发明还公开了抗菌蛋白PPIA‑L20对尖孢镰刀菌西瓜专化型菌丝和孢子显微和超微结构的影响。该NN6菌株胞外粗蛋白具有热稳定性，持效期长和来源环保无毒性等特点，对于保护生态环境和提高农产品的附加值上具有重要意义，且抗菌蛋白PPIA‑L20具有良好的抗菌性，使其具有很好的市场开发应用前景。