本发明提供一种多个自主式水下航行器协同作业防碰撞方法及系统，方法包括以下步骤：选取任意两个自主式水下航行器，简化自主式水下航行器的形状，计算两个水下航行器首尾部球心的距离，进而得到两个航行器首尾部间的距离，将得到的两个航行器首尾部间的距离与防碰撞安全系数值比较，并确定是否调整两个水下航行器的航向，若需要调整航向则进一步计算两个航行器躯体间轴线间最小距离dmin，进而得到两个航行器胶囊体之间的最小距离，并再次与防碰撞安全系数值相比较，确定是否需要调整航向；继续选择剩余其他的水下航行器中的任意两个重复上述步骤，避免多个自主式水下航行器协同作业时所有的自主式水下航行器在航行中碰撞情况的发生。