本发明公开了一种基于高压缸零出力的母管制连接系统及运行方法，包括汽轮机组汽水系统及增设系统。增设系统将再热热段蒸汽、第三级高压加热器出口给水管道分别连通至对应母管。部分机组锅炉停运、热备用或二班制运行时，可通过控制各母管与机组间连接阀组使停炉机组汽轮机获得再热热段蒸汽，停炉机组高压缸进少量蒸汽，仅维持高压缸内温度及平衡转子轴向推力，中低压缸以及相应回热系统正常工作，实现停炉不停机。采用本发明方法，机组在“少炉多机”运行工况下，可实现进一步的“机、炉解耦”，在投运锅炉正常运行条件下，进一步降低深度调峰运行工况下的汽轮发电机组输出电动率，提升机组灵活性以及锅炉设备事故状态下的机组发电量。