本发明公开了一种基于双目立体视觉的多目标并行测量方法、系统、设备及存储介质，属于光学大尺寸测量领域。采用棋盘格标定法进行标定，得到世界坐标系与图像像素坐标系间的转化关系以及图像的畸变参数；然后进行视频流输出，针对输出的视频流，采用左右相机分别抓取同一时刻的一对图像并进行预处理，然后分别进行分割和拼接，得到对应的只有编码靶标的多对图像；遍历后快速提取角点信息，得到初始的亚像素点对应集后，进行识别、解码以及匹配，得到一一对应的亚像素点对应集；依据光学三角形模型，分别得到目标点的三维坐标，完成基于双目立体视觉的多目标并行测量。本发明实现了在线高精度快速测量，极大提高了便携性，减小了应用场景的限制。