本申请实施例中提供了一种虚拟编组列车区间运行方法及系统，该方法包括：在虚拟编组列车运行的过程中，前车通过和后车之间的通信，将获取到的虚拟编组列车的位置信息发送给ZC；ZC根据所述虚拟编组列车的位置信息向CI发送虚拟编组列车的区段占用信息；CI控制目标区段内的信号机处于开放状态，直到接收到跨压命令的情况下，关闭所述信号机并触发进路解锁。通过虚拟占用的方式对虚拟编组列车中前车和后车之间的间距进行处理，可保证前车和后车之间的空闲区段也处于占用状态，并在后车跨压信号机的情况下，关闭信号机触发进路解锁，保证后车可以顺利跟随前车运行，进一步确保虚拟编组列车的正常运行。