本发明属于多载波通信技术领域，公开了一种适用于高频率选择性衰落的FBMC迭代信道均衡方法及系统，所述适用于高频率选择性衰落的FBMC迭代信道均衡方法包括：分别生成发送信号和接收信号；计算对应符号ap,q的分析滤波器组输出信号；迭代均衡算法初始化，q＝2；进行第一次均衡；第一次重构符号；进行第二次均衡；第二次重构符号；令q＝q+1，如果q＜N‑1，重复第一次均衡、第一次重构符号、第二次均衡以及第二次重构符号；否则，已得到全部均衡信息，信道均衡结束。本发明所用分析滤波器输出信号模型为精确模型，没有传统方法使用严格慢衰落或平坦衰落的近似，适用于任何衰落的FBMC/OQAM通信系统，消除高频率选择性信道下的残余干扰，提高系统性能。