本申请涉及体声波谐振器技术领域，公开一种滤波器芯片封装结构，包括：滤波器晶圆和滤波器盖体；通过在滤波器盖体上设置有第一通孔、第二通孔，第一金属层位于第一通孔内的部分被限定成第一凹槽，第二金属层位于第二通孔内的部分被限定成第二凹槽；第一凹槽内填充有第一金属填充层，第二凹槽内填充有第二金属填充层；第一金属层穿过第一通孔连接滤波器晶圆；第二金属层穿过第二通孔连接滤波器晶圆；在第一金属填充层上设置有第一焊锡凸点；在第二金属层上设置有第二焊锡凸点。这样，由于滤波器盖体设置的通孔被金属填充层填满，使得通孔的导热能力更好，从而散热效果更好。本申请还公开一种用于滤波器芯片封装的方法。