本申请涉及一种诊疗数据去标识化方法、装置及查询系统，所述诊疗数据去标识化方法包括：根据预先调取的诊疗数据构建诊疗数据查询数据库；根据差分隐私算法，对所述诊疗数据查询数据库的数据表的敏感属性字段添加随机噪声；根据添加的随机噪声，对所述敏感属性字段去标识处理；对所述数据表的标识符字段进行加密处理；根据去标识处理和加密处理的数据表更新所述诊疗数据查询数据库。本申请既满足诊疗数据的差分隐私保护的隐秘性要求，同时保证了数据库中发布数据的可靠性，可以有效帮助临床科研工作者查询和收集以往病例、大数据分析及评估，为促进医疗数据统计的自动化，消除信息孤岛，提供决策支持建立打下良好基础。